Pela Medida Provisória (MP) nº 1.911-10, de 24 de setembro de 1999, que altera dispositivos da Lei nº 9.649, de 27 de maio de 1998, passou a Casa Militar a chamar-se Gabinete de Segurança Institucional: no art. 24-A, criou-se o cargo de Ministro Chefe do Gabinete de Segurança Institucional da Presidência da República.

Da Natureza e Competência

O Gabinete de Segurança Institucional, órgão essencial da Presidência da República, tem como área de competência os seguintes assuntos:
- assistência direta e imediata ao Presidente da República no desempenho de suas atribuições;
- prevenção da ocorrência e articulação do gerenciamento de crises, em caso de grave e iminente ameaça à estabilidade institucional;
- assessoramento pessoal ao Presidente da República em assuntos militares e de segurança;
- coordenação das atividades de inteligência federal e de segurança da informação;
- segurança pessoal do Chefe de Estado, do Vice-Presidente da República e dos respectivos familiares, dos titulares dos órgãos essenciais da Presidência da República e de outras autoridades ou personalidades quando determinado pelo Presidente da República, assegurado o exercício do poder de polícia; e
- segurança dos palácios presidenciais e das residências do Presidente da República e do Vice-Presidente da República, assegurado o exercício do poder de polícia.

Compete, ainda, ao Gabinete de Segurança Institucional:
- executar as atividades permanentes, técnicas e de apoio administrativo, necessárias ao exercício da competência do Conselho de Defesa Nacional - CDN, de conformidade com o disposto na Lei nº 8.183, de 11 de abril de 1991; 
- exercer as atividades de Secretaria Executiva da Câmara de Relações Exteriores e Defesa Nacional, do Conselho de Governo, de conformidade com regulamentação específica; e 
- exercer as atividades de Órgão Central do Sistema de Proteção ao Programa Nuclear Brasileiro - SIPRON.

Os locais onde o Chefe de Estado e o Vice-Presidente da República trabalham, residem, estejam ou haja a iminência de virem a estar, e adjacências, são áreas consideradas de segurança das referidas autoridades, cabendo ao Gabinete de Segurança Institucional, para os fins do disposto neste artigo, adotar as medidas necessárias para a sua proteção, bem como coordenar a participação de outros órgãos de segurança nessas ações.